Les développements de la science et de la technologie ont fait en sorte que la médecine des greffes est passée du statut de traitement expérimental à celui de traitement de routine pour certains patients. Plusieurs d’entre eux se voient maintenant offrir une chance de survie grâce à la médecine des greffes. Toutefois, le nombre d'organes disponibles pour les greffes est insuffisant. Cette pénurie a d’ailleurs incité plusieurs acteurs de partout dans le monde à envisager des stratégies afin de combler ce manque d'organes à des fins de transplantation.
En 2004, la CEST a publié un avis portant sur des enjeux éthiques fondamentaux que soulèvent le don et la transplantation d’organes, notamment sur les principales stratégies envisagées afin de pallier la pénurie d’organes. Elle y formule dix recommandations en ce qui a trait, entre autres, à l’anonymat du don cadavérique, aux critères de sélection des candidats à la greffe, à l’augmentation des dons entre vivants, aux donneurs cadavériques selon les critères de la mort par arrêt cardiorespiratoire et à la sensibilisation au don d'organes et à la xénotransplantation.
En 2006, comme l’écart entre le nombre d’organes disponibles et le nombre de patients en attente de greffe continue de se creuser, une autre solution semble possible. Dans son avis Le don et la transplantation d'organes par échanges : considérations éthiques sur une nouvelle option, la CEST s’intéresse au don d’organes entre personnes vivantes, ce qui permettrait d’augmenter le bassin de donneurs. Elle réfléchit aux impacts potentiels de cette solution quant à la pénurie d’organes, aux coûts en matière de santé ainsi qu'aux donneurs et aux receveurs d’organes.
La CEST formule trois recommandations à l’effet de maintenir l’anonymat du don, d’instaurer un mécanisme qui permettrait d’assurer l’équité entre les patients en attente d’une greffe rénale et enfin, d’expliquer au patient et à son entourage les options du don par échange très tôt dans son processus d’inscription sur la liste d’attente.
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